Μετά την ολοκλήρωση της Α φάσης του Κυπέλλου Λήμνου τα ζευγάρια που προκύπτουν για την Β φάση θα αγωνιστούν σε δύο δόσεις, οι δύο αγώνες την Τετάρτη 11-10-2017 και οι άλλοι δύο την επόμενη Τετάρτη 18-10-2017. Ακολουθούν τα ζευγάρια: